提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
汇丰研究:粤港澳大湾区经济反弹在即******
中新社北京2月2日电 (记者 夏宾)中新社记者2日了解到,汇丰环球研究近日发布了以重启、复苏、促增长为主题的2023年粤港澳大湾区经济展望报告,预计随着内地恢复通关,粤港澳大湾区将发挥其优势,2023年经济有望迎来反弹。
汇丰环球研究大中华区首席经济学家刘晶表示,粤港澳大湾区的经济反弹在即。粤港澳大湾区经济活动在2022年受到疫情拖累,房地产和服务业受到冲击最大。随着内地调整优化疫情防控政策,预计通关人数将逐步恢复到疫情前水平。住宿和餐饮消费回升将尤为明显,广东的消费增速预计将从去年的负值区间反弹回升。
同时,在香港和澳门,跨境旅游的正常化将提振当地零售业。预计2023年香港的零售销售同比增速将反弹至15%,而澳门的零售销售同比增速可能高达20%。
刘晶指出,考虑到将粤港澳大湾区建设成世界知名城市群的国家战略,广东制造业的优势与香港的金融专长可形成更大的协同效应。“我们预计2023年宏观政策将更加关注经济增长,广东的地方政府可能会继续推出退税、定向信贷支持等措施来支持当地的制造业企业。尽管外部需求增长放缓似乎已不可避免,但广东有很强的动力保持其制造业和出口的竞争力。”
刘晶提到,广东今年大概率将继续得到全国最高的专项债配额,并可能会推动基建投资扩展到绿色和可持续发展等领域。香港也有宏伟计划。在2022年至2023年的香港特区政府预算中,会安排1000亿港元专门用于北部都会区住房、交通运输和基建。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)